【VGG19】海洋生物识别

一、项目准备

1. 问题导入

图像分类是根据图像的语义信息将不同类别图像区分开来,是计算机视觉中重要的基本问题。本实践使用卷积神经网络VGG19模型构建深度学习模型,自动提取高质量的特征,来解决海洋鱼类识别的问题。

2. 数据集简介

本次实验使用的是台湾电力公司、台湾海洋研究所和垦丁国家公园在2010年10月1日至2013年9月30日期间,在中国台湾南湾海峡、兰屿岛和胡比湖的水下观景台收集的鱼类图像数据集。
该数据集包括23类鱼种,共27370张鱼的图像,本次实验将取其中的90%作为训练集,剩下的10%作为测试集。

这是数据集的下载链接:Fish4Knowledge 23种鱼类数据集 – AI Studio

3. VGG模型

  • VGG 是由 Simonyan 和 Zisserman 在论文 “Very Deep Convolutional Networks for Large Scale Image Recognition” 中提出卷积神经网络模型,其名称来源于作者所在的牛津大学视觉几何组 (Visual Geometry Group) 的缩写。
  • VGG 中根据卷积核大小和卷积层数目的不同,可分为 A、A-LRN、B、C、D、E 共6个配置 (ConvNet Configuration),其中以 D 和 E 两种配置较为常用,分别称为 VGG16 和 VGG19。本实验使用的是VGG19模型(模型结构如下图 type E 所示)。

二、实验步骤

0. 前期准备

  • 导入模块

注意:本案例仅适用于PaddlePaddle 2.0+版本

import os
import zipfile
import random
import numpy as np
from PIL import Image
import matplotlib.pyplot as plt

import paddle
from paddle import nn
from paddle import metric as M
from paddle.io import DataLoader, Dataset
from paddle.nn import functional as F
from paddle.optimizer import Adam
from paddle.optimizer.lr import NaturalExpDecay
  • 设置超参数
BATCH_SIZE = 64      # 每批次的样本数
EPOCHS = 8           # 训练轮数
LOG_GAP = 150        # 输出训练信息的间隔

INIT_LR = 3e-4       # 初始学习率
LR_DECAY = 0.75      # 学习率衰减率

SRC_PATH = "./data/data14492/fish_image23.zip"  # 压缩包路径
DST_PATH = "./data"                             # 解压路径
DATA_PATH = DST_PATH + "/fish_image"            # 实验数据集路径
INFER_PATH = "./work/infer.jpg"                 # 预测数据集路径
MODEL_PATH = "VGG19.pdparams"                   # 模型参数保存路径

LAB_DICT = {'fish_1': 'Dascyllus reticulatus', 'fish_2': 'Plectroglyphidodon dickii',
            'fish_3': 'Chromis chrysura', 'fish_4': 'Amphiprion clarkii',
            'fish_5': 'Chaetodon lunulatus', 'fish_6': 'Chaetodon trifascialis',
            'fish_7': 'Myripristis kuntee', 'fish_8': 'Acanthurus nigrofuscus',
            'fish_9': 'Hemigymnus fasciatus', 'fish_10': 'Neoniphon sammara',
            'fish_11': 'Abudefduf vaigiensis', 'fish_12': 'Canthigaster valentini',
            'fish_13': 'Pomacentrus moluccensis', 'fish_14': 'Zebrasoma scopas',
            'fish_15': 'Hemigymnus melapterus', 'fish_16': 'Lutjanus fulvus',
            'fish_17': 'Scolopsis bilineata', 'fish_18': 'Scaridae',
            'fish_19': 'Pempheris vanicolensis', 'fish_20': 'Zanclus cornutus',
            'fish_21': 'Neoglyphidodon nigroris', 'fish_22': 'Balistapus undulatus',
            'fish_23': 'Siganus fuscescens'}     # 用于将文件名和标签相对应

1. 数据准备

  • 解压数据集
    由于数据集中的数据是以压缩包的形式存放的,因此我们需要先解压数据压缩包。
if not os.path.isdir(DATA_PATH):
    z = zipfile.ZipFile(SRC_PATH, "r")   # 打开压缩文件,创建zip对象
    z.extractall(path=DST_PATH)          # 解压zip文件至目标路径
    z.close()
print("数据集解压完成!")
  • 划分数据集
    我们需要按1:9比例划分测试集和训练集,分别生成两个包含数据路径和标签映射关系的列表。
type_num, lab_dict = 0, {}          # 方便动物类别在字符型和整型之间转换
train_list, test_list = [], []           # 存放数据的路径及标签的映射关系
file_folders = os.listdir(DATA_PATH)     # 统计数据集下的文件夹

for folder in file_folders:
    lab_dict[str(type_num)] = LAB_DICT[folder]   # 记录标签和数字代号的对应关系
    imgs = os.listdir(os.path.join(DATA_PATH, folder))
    for idx, img in enumerate(imgs):
        path = os.path.join(DATA_PATH, folder, img)
        if idx % 10 == 0:      # 按照1:9的比例划分数据集
            test_list.append([path, type_num])
        else:
            train_list.append([path, type_num])
    type_num += 1
  • 数据预处理
    我们需要对数据集图像进行缩放和归一化处理。
class MyDataset(Dataset):
    ''' 自定义的数据集类 '''
    
    def __init__(self, label_list, transform):
        '''
        * `label_list`: 标签与文件路径的映射列表
        * `transform`:数据处理函数
        '''
        super(MyDataset, self).__init__()
        random.shuffle(label_list)      # 打乱映射列表
        self.label_list = label_list
        self.transform = transform        

    def __getitem__(self, index):
        ''' 根据位序获取对应数据 '''
        img_path, label = self.label_list[index]
        img = self.transform(img_path)
        return img, int(label)

    def __len__(self):
        ''' 获取数据集样本总数 '''
        return len(self.label_list)


def data_mapper(img_path, show=False):
    ''' 图像处理函数 '''
    img = Image.open(img_path)
    if show:     # 展示图像
        display(img)
    # 将其缩放为224*224的高质量图像:
    img = img.resize((224, 224), Image.ANTIALIAS)
    # 把图像变成一个numpy数组以匹配数据馈送格式:
    img = np.array(img).astype("float32")
    # 将图像矩阵由“rgb,rgb,rbg...”转置为“rr...,gg...,bb...”:
    img = img.transpose((2, 0, 1))
    # 将图像数据归一化,并转换成Tensor格式:
    img = paddle.to_tensor(img / 255.0)
    return img
train_dataset = MyDataset(train_list, data_mapper)  # 训练集
test_dataset = MyDataset(test_list, data_mapper)    # 测试集
  • 定义数据提供器
    我们需要分别构建用于训练和测试的数据提供器,其中训练数据提供器是乱序、按批次提供数据的。
train_loader = DataLoader(train_dataset,            # 训练数据集
                          batch_size=BATCH_SIZE,    # 每批读取的样本数
                          num_workers=1,            # 加载数据的子进程个数
                          shuffle=True,             # 打乱训练数据集
                          drop_last=False)          # 丢弃不完整的样本

test_loader = DataLoader(test_dataset,              # 测试数据集
                         batch_size=BATCH_SIZE,     # 每批读取的样本数
                         num_workers=1,             # 加载数据的子进程个数
                         shuffle=False,             # 不打乱测试数据集
                         drop_last=False)           # 不丢弃不完整的样本

2. 网络配置

  • 实验模型
    本实验采用的是VGG19模型,VGG19常常被用于分类问题。它包含16个卷积层、5个池化层、3个全连接层。其中,卷积层和全连接层具有权重系数,且它们的总数为19,故该模型被称为VGG19。
class ConvPool(nn.Layer):
    ''' 卷积-池化组
    * `conv_args`(list): 卷积层参数
    * `pool_args`(list): 池化层参数
    * `conv_num`(int): 卷积层的个数
    * `pool_type`(str): 池化类型(Max/Avg)
    '''
    def __init__(self, conv_args, pool_args, conv_num=1, pool_type="Max"):
        super(ConvPool, self).__init__()
        # (1) 定义卷积层:
        for i in range(conv_num):  # 定义conv_num个卷积层
            conv = nn.Conv2D(in_channels=conv_args[0],     # 输入通道数
                             out_channels=conv_args[1],    # 输出通道数
                             kernel_size=conv_args[2],     # 卷积核大小
                             stride=conv_args[3],          # 卷积步长
                             padding=conv_args[4])         # 卷积填充大小
            conv_args[0] = conv_args[1]
            self.add_sublayer("conv_%d" % i, conv)                              
            self.add_sublayer("relu_%d" % i, nn.ReLU())
        # (2) 定义池化层:
        if pool_type == "Max":   # 最大池化
            pool = nn.MaxPool2D(kernel_size=pool_args[0],  # 池化核大小
                                stride=pool_args[1],       # 池化步长
                                padding=pool_args[2])      # 池化填充大小
        else:                    # 平均池化
            pool = nn.AvgPool2D(kernel_size=pool_args[0],  # 池化核大小
                                stride=pool_args[1],       # 池化步长
                                padding=pool_args[2])      # 池化填充大小
        self.add_sublayer("pool", pool)
        
    def forward(self, x):
        for prefix, sub_layer in self.named_children():
            x = sub_layer(x)
        return x


class VGG19(nn.Layer):
    def __init__(self, out_dim):
        super(VGG19, self).__init__()
        self.conv1 = ConvPool([  3,  64, 3, 1, 1], [2, 2, 0], 2, "Max")
        self.conv2 = ConvPool([ 64, 128, 3, 1, 1], [2, 2, 0], 2, "Max")
        self.conv3 = ConvPool([128, 256, 3, 1, 1], [2, 2, 0], 4, "Max")        
        self.conv4 = ConvPool([256, 512, 3, 1, 1], [2, 2, 0], 4, "Max")
        self.conv5 = ConvPool([512, 512, 3, 1, 1], [2, 2, 0], 4, "Max")
        self.linear = nn.Sequential(nn.Linear(512*7*7, 4096),
                                    nn.ReLU(),
                                    nn.Dropout(0.25),
                                    nn.Linear(4096, 4096),
                                    nn.ReLU(),
                                    nn.Dropout(0.25),
                                    nn.Linear(4096, out_dim))

    def forward(self, x):    # 输入维度:3*224*224
        x = self.conv1(x)    # 输出维度:64*112*112
        x = self.conv2(x)    # 输出维度:128*56*56
        x = self.conv3(x)    # 输出维度:256*28*28
        x = self.conv4(x)    # 输出维度:512*14*14
        x = self.conv5(x)    # 输出维度:512*7*7
        x = paddle.flatten(x, 1, -1)
        y = self.linear(x)
        return y
  • 实例化模型
model = VGG19(out_dim=type_num)

3. 模型训练

model.train()                # 开启训练模式
scheduler = NaturalExpDecay(
    learning_rate=INIT_LR,
    gamma=LR_DECAY
)                            # 定义学习率衰减器
optimizer = Adam(
    learning_rate=scheduler,
    parameters=model.parameters()
)                            # 定义Adam优化器
loss_arr, acc_arr = [], []   # 用于可视化

for ep in range(EPOCHS):
    for batch_id, data in enumerate(train_loader()):
        x_data, y_data = data
        y_data = y_data[:, np.newaxis]          # 增加一维维度
        y_pred = model(x_data)                  # 预测结果
        acc = M.accuracy(y_pred, y_data)        # 计算准确率
        loss = F.cross_entropy(y_pred, y_data)  # 计算交叉熵
        if batch_id != 0 and batch_id % LOG_GAP == 0:   # 定期输出训练结果
            print("Epoch:%d,Batch:%3d,Loss:%.5f,Acc:%.5f"\
                % (ep, batch_id, loss, acc))
        acc_arr.append(acc.item())
        loss_arr.append(loss.item())
        optimizer.clear_grad()
        loss.backward()
        optimizer.step()
    scheduler.step()       # 每轮衰减一次学习率

paddle.save(model.state_dict(), MODEL_PATH)  # 保存训练好的模型

模型训练的结果如下:

Epoch:0,Batch:150,Loss:0.57758,Acc:0.82812
Epoch:0,Batch:300,Loss:0.22912,Acc:0.93750
Epoch:1,Batch:150,Loss:0.12195,Acc:0.95312
Epoch:1,Batch:300,Loss:0.19877,Acc:0.93750
Epoch:2,Batch:150,Loss:0.07112,Acc:0.98438
Epoch:2,Batch:300,Loss:0.09523,Acc:0.98438
Epoch:3,Batch:150,Loss:0.07677,Acc:0.98438
Epoch:3,Batch:300,Loss:0.01776,Acc:1.00000
Epoch:4,Batch:150,Loss:0.02427,Acc:0.98438
Epoch:4,Batch:300,Loss:0.00211,Acc:1.00000
Epoch:5,Batch:150,Loss:0.00695,Acc:1.00000
Epoch:5,Batch:300,Loss:0.02889,Acc:0.98438
Epoch:6,Batch:150,Loss:0.01456,Acc:0.98438
Epoch:6,Batch:300,Loss:0.00660,Acc:1.00000
Epoch:7,Batch:150,Loss:0.00719,Acc:1.00000
Epoch:7,Batch:300,Loss:0.00266,Acc:1.00000
  • 可视化训练过程
fig = plt.figure(figsize=[10, 8])

# 训练误差图像:
ax1 = fig.add_subplot(211, facecolor="#E8E8F8")
ax1.set_ylabel("Loss", fontsize=18)
plt.tick_params(labelsize=14)
ax1.plot(range(len(loss_arr)), loss_arr, color="orangered")
ax1.grid(linewidth=1.5, color="white")  # 显示网格

# 训练准确率图像:
ax2 = fig.add_subplot(212, facecolor="#E8E8F8")
ax2.set_xlabel("Training Steps", fontsize=18)
ax2.set_ylabel("Accuracy", fontsize=18)
plt.tick_params(labelsize=14)
ax2.plot(range(len(acc_arr)), acc_arr, color="dodgerblue")
ax2.grid(linewidth=1.5, color="white")  # 显示网格

fig.tight_layout()
plt.show()
plt.close()

4. 模型评估

model.eval()                 # 开启评估模式
test_costs, test_accs = [], []

for batch_id, data in enumerate(test_loader()):
    x_data, y_data = data
    y_data = y_data[:, np.newaxis]          # 增加一维维度
    y_pred = model(x_data)                  # 预测结果
    acc = M.accuracy(y_pred, y_data)        # 计算准确率
    loss = F.cross_entropy(y_pred, y_data)  # 计算交叉熵
    test_accs.append(acc.item())
    test_costs.append(loss.item())
test_loss = np.mean(test_costs)    # 每轮测试的平均误差
test_acc = np.mean(test_accs)      # 每轮测试的平均准确率
print("Eval \t Loss:%.5f,Acc:%.5f" % (test_loss, test_acc))

模型评估的结果如下:

Eval 	 Loss:0.11719,Acc:0.98067

5. 模型预测

  • 处理预测数据
truth_lab = "Dascyllus reticulatus"             # 待预测图片的标签
infer_img = data_mapper(INFER_PATH, show=True)  # 获取预测图片
infer_img = infer_img[np.newaxis, :, :, :]

  • 载入模型并开始预测
model.eval()                 # 开启评估模式
model.set_state_dict(
    paddle.load(MODEL_PATH)
)   # 载入预训练模型参数

result = model(infer_img)
infer_lab = lab_dict[ str(np.argmax(result)) ]  # 获取推理结果
print("真实标签:%s,预测结果:%s" % (truth_lab, infer_lab))

模型预测的结果如下:

真实标签:Dascyllus reticulatus,预测结果:Dascyllus reticulatus

写在最后

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