当读取序列时,按行来读取时,就是以换行符为标准。
读取的strawberry1.gb的文件内容如下:
LOCUS JX118024 460 bp DNA linear PLN 25-SEP-2012
DEFINITION Fragaria vesca subsp. americana RNA polymerase beta subunit (rpoC1)
gene, partial cds; plastid.
/
ACCESSION JX118024
//
VERSION JX118024.1 GI:402238751
KEYWORDS .
how
///
SOURCE plastid Fragaria vesca subsp. americana
第一个例子:默认情况
复制代码 代码如下:
#!/bin/perl
my $record =’ ‘;
open (DNAFILENAME,’f:\\perl\\strawberry1.gb’)||die(“can not open the file!”);
$record = <DNAFILENAME>;
print $record;
这个就是没有任何的改动的情况,也就是默认的每次读取一行,结果如下:
F:\>perl\b.pl
LOCUS JX118024 460 bp DNA linear PLN 25-SEP-2012
如果我们对$/的值给改变一下,按照我们文件的特征,我们先改动为$/=“///\n;
复制代码 代码如下:
#!/bin/perl
my $record =’ ‘;
open (DNAFILENAME,’f:\\perl\\strawberry1.gb’)||die(“can not open the file!”);
$/=”///\n”;
$record = <DNAFILENAME>;
print $record;
我们得到的结果如下:
F:\>perl\b.pl
LOCUS JX118024 460 bp DNA linear PLN 25-SEP-2012
DEFINITION Fragaria vesca subsp. americana RNA polymerase beta subunit (rpoC1)
gene, partial cds; plastid.
/
ACCESSION JX118024
//
VERSION JX118024.1 GI:402238751
KEYWORDS .
how
///
我们可以看到在这里,这一行是以///为分隔符的,///以上的整个部分都被看成一行。
同样不仅是字符可以作为分隔符,字母也可以,加入我们以how为分隔符,$/=”how\n”;
复制代码 代码如下:
#!/bin/perl
my $record =’ ‘;
open (DNAFILENAME,’f:\\perl\\strawberry1.gb’)||die(“can not open the file!”);
$/=”how\n”;
$record = <DNAFILENAME>;
print $record;
结果如下:
C:\Documents and Settings\Administrator>f:perl\b.pl
LOCUS JX118024 460 bp DNA linear PLN 25-SEP-2012
DEFINITION Fragaria vesca subsp. americana RNA polymerase beta subunit (rpoC1)
gene, partial cds; plastid.
/
ACCESSION JX118024
//
VERSION JX118024.1 GI:402238751
KEYWORDS .
how
C:\Documents and Settings\Administrator>
同样我们也可以完全抛弃传统意义上的行,例如,我们以例子中的第五行的ACCESSION为分隔符:
复制代码 代码如下:
#!/bin/perl
my $record =’ ‘;
open (DNAFILENAME,’f:\\perl\\strawberry1.gb’)||die(“can not open the file!”);
$/=”ACCESSION”;
$record = <DNAFILENAME>;
print $record;
结果如下:
F:\>perl\b.pl
LOCUS JX118024 460 bp DNA linear PLN 25-SEP-2012
DEFINITION Fragaria vesca subsp. americana RNA polymerase beta subunit (rpoC1)
gene, partial cds; plastid.
/
ACCESSION
F:\>
再来看一个例子:以/\n为分隔符:
复制代码 代码如下:
#!/bin/perl
my $record =’ ‘;
open (DNAFILENAME,’f:\\perl\\strawberry1.gb’)||die(“can not open the file!”);
$/=”/\n”;
$record = <DNAFILENAME>;
print $record;
我们期望的结果应该是配匹到第四行以前的内容为一行,但是结果是否如此?
F:\>perl\b.pl
LOCUS JX118024 460 bp DNA linear PLN 25-SEP-2012
DEFINITION Fragaria vesca subsp. americana RNA polymerase beta subunit (rpoC1)
gene, partial cds; plastid.
/
ACCESSION JX118024
//
F:\>
为什么没有匹配到第一个/ 呢?
其实这里/这一行并不是仅仅有一个/,而是还有其他的成分在这里,我们把这一行完全删除,然后重新只输入一个/,我们再来匹配
F:\>perl\b.pl
LOCUS JX118024 460 bp DNA linear PLN 25-SEP-2012
DEFINITION Fragaria vesca subsp. americana RNA polymerase beta subunit (rpoC1)
gene, partial cds; plastid.
/
F:\>